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Cluster per il Calcolo Scientifico - 6dot

Hardware

La piattaforma dispone di 4 nodi di calcolo, con la seguente configurazione:

  • N. 2 Intel SKL-SP 4116 12C 2.1GHz 
  • N. 4 16GB DDR4
  • N. 2 NVIDIA Geforce GTX 1080Ti

Il cluster è accessibile dal nodo di front-end attraverso il protocollo ssh.

I calcoli sono gestiti con un sistema di code basato su Torque/Maui che ottimizza al meglio le risorse disponibili.

Per maggiori dettagli, è disponibile per gli utenti del cluster una guida all’utilizzo delle risorse.

Software 

I pacchetti di sviluppo sono:

  • gcc, g++, gfortran
  • intel/13.1.1
  • pgi/16.1
  • openmpi/gcc
  • openmpi/icc

Gli applicativi sono:

  • Gromacs
  • Gaussian 09

Tutti gli utenti possono comunque installare i programmi di cui necessitano nelle rispettive aree home.

In ogni caso non è previsto alcun tipo di supporto. Si garantisce escluisivamente la funzionalità dell'accesso via ssh.

Accesso

Tutto il personale di Ateneo può accedere ed utilizzare gratuitamente il cluster, fatto salvo un contributo per le spese vive di manuenzione dell’apparecchiatura, i.e. sostituzione delle componenti hardware e software, ancora da quantificare. L'accesso è comunque grantito ad assegnisti, dottorandi e ricercatori a tempo determinato che tipicamente hanno minore disponibilità economica, ma che riteniamo rappresentino il vero motore per l'innovazione.

Perché un cluster per l'Ateneo?

La possibilità di risolvere problemi computazionalmente complessi è uno degli aspetti fondamentali per il progresso scientifico. Nella maggior parte dei casi, la formulazione di nuove teorie e l’estensione modelli accettati richiedonouna verifica di tipo numerico. Sempre più spesso, questa verifica passa attraverso le simulazioni al calcolatore. ll costante aumento della capacità di calcolo di cui disponiamo rappresenta dunque la spinta insostituibile per lo sviluppo di modelli sempre più realistici e accurati per la chimica, l’astrofisica, la climatologia, la genomica, il design di nuovi farmaci, la biofisica, la dinamica dei fluidi e la fisica delle particelle elementari.

È interessante notare che, in ambito chimico e fisico, per ben due volte negli ultimi venti anni sono stati insigniti del premio Nobel scienziati* che hanno ideato nel corso della loro carriera delle metodologie teorico-computazionali in grado di simulare sistemi chimici complessi in grande dettaglio. 

Per queste ragioni, il Dipartimento di Chimica ha reso disponibile ai docenti del nostro ateneo il cluster per il calcolo scientifico denominato sixdot.

* John Pople e Walter Kohn, Chimica, 1998 e Martin Karplus, Michael Levitt e Arieh Warshel, Chimica 2013.

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